Naturskyddsföreningens ordförande och riksstyrelse väljs av riksstämman som är föreningens högsta beslutande organ. Riksstämman äger rum vartannat år. Naturskyddsföreningens generalsekreterare är anställd och chef för föreningens rikskansli.
Generalsekreteraren är Naturskyddsföreningens högste tjänsteman och rapporterar till styrelsens ordförande. Sedan mars 2017 är Karin Lexén generalsekreterare. Hennes månadslön är 85 000 kronor (april 2023). Pensionskostnad enligt kollektivavtal. Ingen ersättning för övertid, jour, restid eller obekväm arbetstid utgår. Årskort på SJ betalas av föreningen och förmånsbeskattas vid privat bruk.
Avtalet med generalsekreteraren uppdaterades den 13 mars 2022 och gäller i fyra år. Om Naturskyddsföreningen säger upp avtalet kan styrelsens ordförande arbetsbefria generalsekreteraren under uppsägningstiden. Inget avgångsvederlag utgår vid uppsägning.
Naturskyddsföreningens ordförande Beatrice Rindevall är heltidsarvoderad enligt stämmobeslut och hennes arvode motsvarar ett inkomstbasbelopp vilket är 74 300 kronor/månad under 2023. Första respektive andra vice ordförande är deltidsarvoderade och erhåller 15 respektive 10 procent av inkomstbasbeloppet per månad och skattmästaren erhåller 15 procent. Övertids-, restids-och annan mertidsersättning utgår ej. Traktamenten tas ej ut.
Övriga styrelseledamöter arvoderas med 2006 kronor per heldag under styrelsemöte motsvarande 2,7 procent av aktuellt inkomstbasbelopp under 2023. Ledamöterna arvoderas 0,5 procent (372 kr) av ett inkomstbasbelopp för digitala möten. Styrelsemöten hålls minst sju gånger per år. Styrelseledamöter kan också ersättas enligt samma modell för specifika uppdrag. Övertids-, restids-och annan mertidsersättning utgår ej. Traktamenten tas ej ut.
Naturskyddsföreningens ordförande har avtal om avgångsvederlag med sex månaders lön. På avgångsvederlaget sker ingen pensionsavsättning. Föreningens ordförande omfattas inte av anställningstrygghet genom LAS.
Föreningens ordförande har årskort hos SJ som föreningen betalar. Årskortet förmånsbeskattas vid privat användning.
Av föreningens alla medlemmar anser sig över 23 000 personer vara aktiva, vilket betyder att de är med och anordnar eller deltar i möten, evenemang eller nätverk.
Av dessa har cirka 3 000 personer haft olika förtroendeuppdrag i föreningens lokala kretsar och regionala länsförbund. Deras nedlagda tid uppskattas till sammanlagt närmare 875 000 timmar. Det motsvarar mer än 430 heltidsarbetare per år!