Naturskyddsföreningens ordförande och riksstyrelse väljs av riksstämman som är föreningens högsta beslutande organ. Riksstämman äger rum vartannat år. Naturskyddsföreningens generalsekreterare är anställd och chef för föreningens rikskansli.
Generalsekreteraren är Naturskyddsföreningens högste tjänsteman och rapporterar till styrelsens ordförande. Sedan mars 2017 är Karin Lexén generalsekreterare. Hennes månadslön är 87 000 kronor (december 2024). Pensionskostnad enligt kollektivavtal. Ingen ersättning för övertid, jour, restid eller obekväm arbetstid utgår. Avtalet med generalsekreteraren uppdaterades den 20 december 2024 och gäller till och med 31 december 2027.
Naturskyddsföreningens ordförande Beatrice Rindevall är heltidsarvoderad enligt stämmobeslut och hennes arvode motsvarar ett inkomstbasbelopp vilket är 80 600 kronor/månad under 2025. Första respektive andra vice ordförande är deltidsarvoderade och erhåller 15 respektive 10 procent av 80 procent av ett inkomstbasbelopp per månad och skattmästaren erhåller 15 procent av 80 procent av ett inkomstbasbelopp. Övertids-, restids-och annan mertidsersättning utgår ej. Traktamenten tas ej ut.
Övriga styrelseledamöter arvoderas med 1741 kronor per heldag under styrelsemöte motsvarande 2,7 procent av 80 procent av ett inkomstbasbelopp under 2025. Ledamöterna arvoderas 0,5 procent (322 kr) av 80 procent av ett inkomstbasbelopp för digitala möten. Styrelsemöten hålls minst åtta gånger per år. Styrelseledamöter kan också ersättas enligt samma modell för specifika uppdrag. Övertids-, restids-och annan mertidsersättning utgår ej. Traktamenten tas ej ut.
Naturskyddsföreningens ordförande har avtal om avgångsvederlag med sex månaders lön. På avgångsvederlaget sker ingen pensionsavsättning. Föreningens ordförande omfattas inte av anställningstrygghet genom LAS.
Föreningens ordförande har årskort hos SJ som föreningen betalar. Årskortet förmånsbeskattas vid privat användning.
Av föreningens alla medlemmar anser sig över 23 000 personer vara aktiva, vilket betyder att de är med och anordnar eller deltar i möten, evenemang eller nätverk.
Av dessa har cirka 3 000 personer olika förtroendeuppdrag i föreningens lokala kretsar och regionala länsförbund. Deras nedlagda tid uppskattas till sammanlagt närmare 875 000 timmar. Det motsvarar mer än 430 heltidsarbetare per år!