Riksstämman är Naturskyddsföreningens högsta beslutande organ och äger rum i mitten av juni vartannat år. Under riksstämman väljs riksstyrelse, revisorer och valberedning. Detta regleras i föreningens stadgar.
Riksstyrelsen består av Naturskyddsföreningens ordförande, en skattmästare och ytterligare tio ledamöter. Därutöver ingår en ledamot som utses av Fältbiologerna samt en av personalen utsedd adjungerad representant med närvaro- och yttranderätt. Riksstyrelsen utser inom sig vice ordförande. Styrelsen håller vanligen möten sju till tio gånger per år.